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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
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Data corrente: |
02/12/2010 |
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Data da última atualização: |
27/01/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
CARAZZOLLE, M. F.; COSTA, G. G. L.; HERAI, R. H.; R. JÚNIOR, O.; NASCIMENTO, L. C.; TEIXEIRA, P. J.; TIBURCIO, R. A.; MONDEGO, J. M. C.; PEREIRA, G. A. G. |
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Afiliação: |
IB, CENAPAD/UNICAMP; IB/UNICAMP; LGE/IB/UNICAMP, LBA/CNPTIA; LGE/IB/UNICAMP; LGE/IB/UNICAMP; LGE/IB/UNICAMP; LGE/IB/UNICAMP; IAC; LGE/IB/UNICAMP. |
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Título: |
The genome projects of the closely related cacao pathogens Moniliophthora roreri and Moniliophthora perniciosa. |
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Ano de publicação: |
2010 |
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Fonte/Imprenta: |
In: INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 6., 2010, Ouro Preto. Abstracts... [S.l.: s.n.], 2010. |
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Páginas: |
p. 22. |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
X-meeting 2010. |
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Conteúdo: |
The basidiomycetes Moniliophthora roreri and Moniliophthora perniciosa are the etiologic agents of the two most devastating diseases in cacao (Theobroma cacao ): frosty pod rot and the witches? broom, respectively. The species are very closely related and even hybrid cells have been previously obtained. In cacao, both species infect pods, causing necrosis, and M. perniciosa is also able to invade other tissues causing changes in plant metabolisms, such as hyperplasia and hypertrophy. In order to understand the molecular basis of these organisms, we sequenced the genome of these two species. We also obtained transcriptomic data (RNA-seq) in several different conditions including the interaction between cacao and both pathogens. This work reports a pipeline utilized to assembly and compare these genomes, and to identify differential gene expression between libraries. The genomic and transcriptomic sequences for both organisms were obtained using high-throughput sequencing technology (454/Roche and Solexa/Illumina). The Solexa and 454 reads were assembled into longer contigs using de novo assembler Velvet and Newbler, respectively. The hybrid assembly was performed through the combination of Solexa contigs and 454 contigs resulting in ?nal hybrid contigs using a pipeline developed in our group. Ab initio and comparative gene predictions were obtained with Augustus and Exonerate programs using previous training set (including RNA-seq data) and the closely related organisms, respectively. The ?nal set of gene models were obtained through a union between ab-initio and comparative approaches. The identi?cation of gene expressed in both pathogens, for each library, was obtained mapping the RNA-seq reads into the predicted gene models. In order to identify the gene expressed in T. cacao , the RNA-seq reads were mapped into transcriptome assembly of T. cacao. The transcriptome assembly was obtained using around 160.000 T. cacao ESTs available at NCBI and assembled by CAP3 program. The analysis of differential expressed genes between libraries was performed using DEG-seq package. The M. perniciosa genome project (www.lge.ibi.unicamp.br/vassoura) and M. roreri genome project (www.lge.ibi.unicamp.br/roreri) involve several Brazilian and international laboratories. The comparative genomics in the structure level, gene content level, and orthologous gene sequence can provide new insights that can help this community to increase efforts in cacao diseases investigation. MenosThe basidiomycetes Moniliophthora roreri and Moniliophthora perniciosa are the etiologic agents of the two most devastating diseases in cacao (Theobroma cacao ): frosty pod rot and the witches? broom, respectively. The species are very closely related and even hybrid cells have been previously obtained. In cacao, both species infect pods, causing necrosis, and M. perniciosa is also able to invade other tissues causing changes in plant metabolisms, such as hyperplasia and hypertrophy. In order to understand the molecular basis of these organisms, we sequenced the genome of these two species. We also obtained transcriptomic data (RNA-seq) in several different conditions including the interaction between cacao and both pathogens. This work reports a pipeline utilized to assembly and compare these genomes, and to identify differential gene expression between libraries. The genomic and transcriptomic sequences for both organisms were obtained using high-throughput sequencing technology (454/Roche and Solexa/Illumina). The Solexa and 454 reads were assembled into longer contigs using de novo assembler Velvet and Newbler, respectively. The hybrid assembly was performed through the combination of Solexa contigs and 454 contigs resulting in ?nal hybrid contigs using a pipeline developed in our group. Ab initio and comparative gene predictions were obtained with Augustus and Exonerate programs using previous training set (including RNA-seq data) and the closely related organisms, resp... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Patógenos do cacau. |
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Thesagro: |
Genoma; Theobroma Cacao. |
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Thesaurus Nal: |
Genome; Moniliophthora perniciosa; Moniliophthora roreri. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/23821/1/p22.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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| Registros recuperados : 411 | |
| 201. |  | CARVALHO, C. G. P. de; ARIAS, C. A. A.; TOLEDO, J. F. F. de; ALMEIDA, L. A. de; KIIHL, R. A. de S.; OLIVEIRA, M. F. de. Classificação dos coeficientes de variação para produtividade e altura de planta em soja. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 2.; MERCOSOJA 2002, 2002, Foz do Iguaçu. Perspectivas do agronegócio da soja: resumos. Londrina: Embrapa Soja, 2002. p. 378. (Embrapa Soja. Documentos, 181). Organizado por Odilon Ferreira Saraiva, Clara Beatriz Hoffmann-Campo.| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 202. | | BERTAGNOLLI, P. F.; BONATO, E. R.; COSTAMILAN, L. M.; LINHARES, A. G.; KIIHL, R. A. de S.; ALMEIDA, L. A. de. BRS Pampa RR, cultivar de soja indicada para o Rio Grande do Sul. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 4., 2006, Londrina. Resumos... Londrina: Embrapa Soja, 2006. p. 116-117. Organizado por Odilon Ferreira Saraiva, Simone Ery Grosskopf.| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 203. | | BERTAGNOLLI, P. F.; BONATO, E. R.; COSTAMILAN, L. M.; LINHARES, A. G.; KIIHL, R. A. de S.; ALMEIDA, L. A. de. BRS Pampa RR, cultivar de soja tolerante a glifosato. In: REUNIÃO DE PESQUISA DE SOJA DA REGIÃO SUL, 32., 2004, Passo Fundo. Atas e resumos. Passo Fundo; Embrapa Trigo, 2004. p. 30. (Embrapa Trigo. Documentos, 47).| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 204. | | EL-HUSNY, J. C.; ANDRADE, E. B. de; ALMEIDA, L. A. de; AGUILA, R. M.; KLEPKER, D.; MEYER, M. C.; SILVEIRA FILHO, A. Indicação de cultivares de soja para microrregião de Paragominas - PA. In: REUNIÃO DE PESQUISA DE SOJA DA REGIÃO CENTRAL DO BRASIL, 25., 2003, Uberaba. Resumos... Londrina: Embrapa Soja: EPAMIG: Fundação Triângulo, 2003. p. 92. (Embrapa Soja. Documentos, 209). Organizado por Odilon Ferreira Saraiva, Regina Maria Villas Boas de Campos Leite.| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 205. | | EL-HUSNY, J. C.; ANDRADE, E. B. de; ALMEIDA, L. A. de; AGUILA, R. M.; KLEPKER, D.; MEYER, M. C.; SILVEIRA FILHO, A. Indicação de cultivares de soja para microrregião de Paragominas - PA. In: REUNIÃO DE PESQUISA DE SOJA DA REGIÃO CENTRAL DO BRASIL, 25., 2003, Uberaba. Resumos... Londrina: Embrapa Soja: EPAMIG: Fundação Triângulo, 2003. p. 92. (Embrapa Soja. Documentos, 209).| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 206. | | EL HUSNY, J. C.; ANDRADE, E. B. de; ALMEIDA, L. A. de; KLEPKER, D.; MEYER, M. C.; CORREA, J. R. V. Indicação de cultivares de soja para microrregião de Santarém - PA. In: REUNIÃO DE PESQUISA DE SOJA DA REGIÃO CENTRAL DO BRASIL, 24., 2002, São Pedro, SP. Resumos... Londrina: Embrapa Soja, 2002. p. 89-90. (Embrapa Soja. Documentos, 185).| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 207. | | EL HUSNY, J. C.; ANDRADE, E. B. de; ALMEIDA, L. A. de; KLEPKER, D.; MEYER, M. C.; CORREA, J. R. V. Indicação de cultivares de soja para microrregião de Santarém - PA. In: REUNIÃO DE PESQUISA DE SOJA DA REGIÃO CENTRAL DO BRASIL, 24., 2002, São Pedro, SP. Resumos... Londrina: Embrapa Soja, 2002. p. 89-90. (Embrapa Soja. Documentos, 185).| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 208. | | EL-HUSNY, J. C.; ANDRADE, E. B. de; CORREA, J. R. V.; ALMEIDA, L. A. de; AGUILA, R. M.; KLEPKER, D.; MEYER, M. C. Indicação de cultivares de soja para microrregião de Santarém - PA. In: REUNIÃO DE PESQUISA DE SOJA DA REGIÃO CENTRAL DO BRASIL, 25., 2003, Uberaba. Resumos... Londrina: Embrapa Soja: EPAMIG: Fundação Triângulo, 2003. p. 91. (Embrapa Soja. Documentos, 209). Organizado por Odilon Ferreira Saraiva, Regina Maria Villas Boas de Campos Leite.| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 209. | | EL-HUSNY, J. C.; ANDRADE, E. B. de; CORREA, J. R. V.; ALMEIDA, L. A. de; AGUILA, R. M.; KLEPKER, D.; MEYER, M. C. Indicação de cultivares de soja para microrregião de Santarém - PA. In: REUNIÃO DE PESQUISA DE SOJA DA REGIÃO CENTRAL DO BRASIL, 25., 2003, Uberaba. Resumos... Londrina: Embrapa Soja: EPAMIG: Fundação Triângulo, 2003. p. 91. (Embrapa Soja. Documentos, 209).| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 210. | | CARRÃO-PANIZZI, M. C.; ALMEIDA, L. A. de; KIIHL, R. A. de S.; MIRANDA, L. C.; MANDARINO, J. M. G.; DOMIT, L. A. VIEIRA, O. V. Indicação da cultivar de soja BRS 216 para o estado de São Paulo. In: REUNIÃO DE PESQUISA DE SOJA DA REGIÃO CENTRAL DO BRASIL, 25., 2003, Uberaba. Resumos... Londrina: Embrapa Soja: EPAMIG: Fundação Triângulo, 2003. p. 51-52. (Embrapa Soja. Documentos, 209). Organizado por Odilon Ferreira Saraiva, Regina Maria Villas Boas de Campos Leite.| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 211. | | EL-HUSNY, J.C.; ANDRADE, E. B. de; CORREA, J. R. V.; ALMEIDA, L. A. de; MIRANDA, M. A. C. de; KLEPKER, D. Indicacao da cultivar de soja MA/BR 65 (Sambaiba) para plantio no Para (ano agricola 1999/2000). In: REUNIAO DE PESQUISA DE SOJA DA REGIAO CENTRAL DO BRASIL, 21., 1999, Dourados. Resumos... Dourados: Embrapa Agropecuaria Oeste / Londrina: Embrapa Soja, 1999. p.150. (Embrapa Agropecuaria Oeste. Documentos 7; Embrapa Soja. Documentos, 134).| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 212. | | EL-HUSNY, J. C.; ANDRADE, E. B. de; CORREA, J. R. V.; ALMEIDA, L. A. de; MIRANDA, M. A. C. de; KLEPKER, D. Indicação da cultivar de soja MA/BR 65 (Sambaiba) para plantio no Para (ano agrícola 1999/2000). In: REUNIÃO DE PESQUISA DE SOJA DA REGIÃO CENTRAL DO BRASIL, 21., 1999, Dourados. Resumos... Dourados: Embrapa Agropecuária Oeste; Londrina: Embrapa Soja, 1999. p. 150. (Embrapa Agropecuária Oeste. Documentos, 7; Embrapa Soja. Documentos, 134).| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 213. | | CARVALHO, C. G. P. de; ARIAS, C. A. A.; TOLEDO, J. F. F. de; ALMEIDA, L. A. de; KIIHL, R. A. de S.; OLIVEIRA, M. F. de. Interação genótipo x ambiente no desempenho produtivo da soja no Paraná. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasília, v. 37, n. 7, p. 989-1000, jul. 2002.| Biblioteca(s): Embrapa Soja; Embrapa Unidades Centrais. |
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| 216. | | ARIAS, C. A. A.; BONATO, A. L. V.; MARIN, S. R. R.; MOREIRA, M. A.; ALMEIDA, L. A. de; CATTELI, L. L. Caracterização do germoplasma ativo de soja com marcadores moleculares tipo AFLP e Microssatélites (04.2000.322-03). In: HOFFMANN-CAMPO, C. B.; SARAIVA, O. F. (Org.). Resultados de pesquisa da Embrapa Soja - 2002: ecofisiologia e biologia molecular. Londrina: Embrapa Soja, 2003. p. 27-31. (Embrapa Soja. Documentos, 217).| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 217. | | ARIAS, C. A. A.; BONATO, A. L. V.; MARIN, S. R. R.; MOREIRA, M. A.; ALMEIDA, L. A. de; CATTELI, L. L. Caracterização do germoplasma ativo de soja com marcadores moleculares tipo AFLP e microssatélites. In: HOFFMANN-CAMPO, C. B.; SARAIVA, O. F. (Org.). Resultados de pesquisa da Embrapa Soja - 2001: ecofisiologia e biologia molecular. Londrina: Embrapa Soja, 2002. p. 36-37. (Embrapa Soja. Documentos, 198).| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 218. | | BONATO, E. R.; BERTAGNOLLI, P. F.; LINHARES, A. G.; COSTAMILAN, L. M.; KIIHL, R. A. de S.; ALMEIDA, L. A. de. Caracterizacao da nova cultivar de soja BRS 153. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE SOJA, 1999, Londrina. Anais... Londrina: Embrapa Soja, 1999. p.478. (Embrapa Soja. Documentos, 124).| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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| 219. | | CARVALHO, C. G. P.; ARIAS, C. A. A.; TOLEDO, J. F. F. de; ALMEIDA, L. A. de; KIIHL, R. A. de S.; OLIVEIRA, M. F. de. Estratificação ambiental e adaptabilidade e estabilidade de linhagens semi-precoces de soja avaliadas no Paraná para produtividade. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 1., 2001, Goiania. Anais... Goiania: Embrapa Arroz e Feijao, 2001. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 220. | | CARVALHO, C. G. P. de; TOLEDO, J. F. F. de; ARIAS, C. A. A.; ALMEIDA, L. A. de; KIIHL, R. A. de S.; OLIVEIRA, M. F. de. Estratificação ambiental do Mato Grosso com base no desempenho produtivo de linhagens de soja em ciclo médio. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 2., 2003, Porto Seguro. [Anais.]. Porto Seguro: SBMP, 2003. 1 CD-ROM. Trabalho 431.| Biblioteca(s): Embrapa Soja. |
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